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基督教会的教义争论在拜占庭历史发展的整个时期都有着特殊的地位，其中最为重要的是4世纪至6世纪的三次大规模争论，这三次争论奠定了基督教正统教义的基础和东西教会分离的基本方向。4世纪至6世纪基督教会的宗教争论，针对的是基督教东西方教会于1054年正式分裂之前共同面临的重要问题，也是近2000年来的基督教会史的重要一页。这一时期的宗教争论是围绕着基督的“性”和“三位一体”的问题展开的，有两个大的起伏时期，涉及三个主要派别。

第一个时期是关于耶稣基督与上帝——圣父之关系的讨论，它涉及到对基督教“三位一体”教义的理解问题。安条克学派的阿里乌是引起这一时期宗教争论的主要代表人物，与他相对立的是亚历山大里亚教会的亚大纳西。这场争论一开始表现为亚历山大里亚学派和安条克学派之间的理论分歧，后来引发为教会内部的政治斗争。其起因于安条克学派的阿里乌在亚历山大里亚教会任职时，提出了“圣子有始……上帝无始”的论点，强调圣子基督同其他被造物一样是由“无”创造的。

这一思想的提出，引起了教会内部的争论和民族思想的混乱。君士坦丁皇帝为了安定教会、稳定民心，亲自主持召开了第一次基督教全体主教会议（324年，尼西亚），以武力强行通过了阿里乌为异端的决议。但是，皇帝的敕令并不能真正统一人们的思想，被批判的教父们仍然坚持着自己的观点。后来，若士坦丁皇帝本人也受到了这一派教父的影响，在临终时接受了阿里乌派主教为他举行的基督教洗礼，从而否定了自己曾经做出的结论。君士坦丁之后的罗易——拜占庭帝国皇帝各自支持不同的教派，东方皇帝支持阿里乌派；分治西方帝国的皇帝们却一直支持所谓尼西亚派，于是，在一个形似统一的罗马——拜占庭帝国内，实际上出现了两个世界：由东方君士坦丁堡的皇帝统治的阿里乌派基督教世界和以西方皇帝统治的尼西亚派“正统”基督教世界。

379年，秋奥多西皇帝再次统一整个地中海世界后，开始致力于宗教的统一。他主持召开了君士坦丁堡基督教主教会议（381年），从而结束了阿里乌引起的争论，确立了尼西亚派在基督教会中的统治地位。阿里乌派成员及其追随者有的被迫改宗正统派，有的则被迫流亡国外，还有相当一些人被残酷地镇压了。由于流亡国外的阿里乌派主教乌尔非拉斯的影响，哥特人和其他较开化的日耳曼部族接受了阿里乌派基督教，从此，罗马与“蛮族”的斗争又带上了宗教色彩。这次会议的一个重要结果，是决定了君士坦丁堡教皇在基督教世界中的领袖地位，会议强调，“由于君士坦丁堡是新罗马”，因此，它的教区在东方教区是至高无上的，其地位仅次于罗马教皇的教会领袖。

宗教争论的第二个时期，争论的是对“基督论”的认识，即耶稣基督身上的神人二性是如何结合的，基督是以神性为主还是以人性为主？这一时期的争论分为两个阶段，第一个阶段是关于聂斯托利派的争论，第二个阶段是关于一性派的争论。对立的双方仍是亚历山大里亚学派和安条克学派，由于西方罗马教皇的参与，“从而使问题复杂化了“。

聂斯脱利（428~431年）属于安条克学派。他生活于早期基督教会活动的中心地区，笃信早期基督教使徒们的宣教，深信基督作为一个历史人物的真实存在，并强调基督身上的人性和神性的真实和完整以及两者意志上的结合。聂斯脱利关于这理论的著名论断是：“在一个基督的名下……同时具有两个本性……神性和人性的根本特点是永远有区别的。”因此，聂斯脱利反对人们称圣母玛利亚是神的母亲，因为“由肉身出来的还是肉身”。他还利用自己担任了君士坦丁堡教皇的机会，试图将此理论推向整个教会，引起了帝国其他地区教会的不满和抵制，其中反应最强烈的是亚历山大里亚教会的大主教西里尔。

安条克学派和亚历山大里亚派的对垒，有其深刻的思想根源和政治根源。从文化传统上看，古代埃及是希腊化文化传统的最重要的中心之一，同时也是保留埃及古代文明和宗教传统的重要基地。这里曾有过谷神伊西丝的美丽传说，也有崇拜女神的传统。因此，在思想感情上他们更乐于接受一个慈祥的女神而不是凡俗的圣女。他们心目中的圣母玛利亚是近似于女神的偶像，是不容亵渎的。因此，他们强烈反对安条克学派提出的，“基督由凡人所生”的论断，竭力维护自己心目中的女神——圣母马利亚的形象。从政治上讲，在早期基督教使徒教会中，教会和罗马教会都享有很高的威望，而君士坦丁堡教会却是名不见经传的地方小牧区。只是由于皇帝选中了这个古城为新的首都，它的地位才扶摇直上，在帝国各大教区之上指手画脚。